In un documento del 1302 si rileva la presenza della Chiesa di Trignano soggetta alla Pieve di Prato. L’intera villa è sempre stata dipendente politicamente e amministrativamente al castello di San Martino in Rio di cui ha seguito la storia. La tradizione vuole che il suo nome sia legato ad un episodio: durante una guerra, nel paese erano rimasti vivi solo tre abitanti; più probabilmente il toponimo ha origini romane legate al culto di Giano.